Kala itu di bulan Mei 1968, Kabupaten Lamongan ditimpa musibah, banjir bandang akibat jebolnya tanggul Bengawan Solo di desa Truni, Kecamatan Babat dan beberapa tanggul yang jebol di tempat lainnya sehingga air meluap hingga perkotaan Lamongan. Bahkan meluas ke barat hampir mencapai Bojonegoro dan Tuban, dan ke arah timur dan utara sampai dengan wilayah Gresik tergenang air. Pengungsian besar-besaran untuk menghindari luapan air yang mencapai ketinggian 2 meter, terutama dari penduduk utara Lamongan, seperti dari Kecamatan Laren, Sekaran, Karanggeneng, Karangbinangun, Deket, Turi dan Sukodadi. Pemerintah pusat menetapkan banjir Lamongan (Bengawan Solo) sebagai bencana nasional.
Musibah bencana banjir tersebut, direspon pendiri Rumah Sakit Muhammadiyah Lamongan dengan mendirikan Pos Kesehatan Bencana Banjir dan mengadakan pengobatan massal dengan bantuan dari RS Muhamamdiyah Surabaya, RS Al Irsyad Surabaya dan Lembaga Kesehatan Himpunan Mahasiswa Islam (LKHMI) Surabaya. Pengalaman tersebut yang kemudian mengilhami para Pendiri RSML mendirikan satu amal usaha yang bisa dirasakan masyarakat secara lebih nyata.
Berawal dari obrolan sambil mengaji tafsir Al Qur’an yang diasuh oleh Ust Abd Manaf Zahri (Pimpinan Daerah Muhamamdiyah Lamongan), salah satu jamaah mengusulkan mendirikan Balai Pengobatan, yang kemudian disetujui para pendiri lainnya. Selang beberapa minggu kemudian dikumpulkan warga Muhammadiyah yang tergabung di pengurus PKU Muhammadiyah Cabang Lamongan, dan terbentuklah susunan pengurus Balai Pengobatan Islam.
Pada awalnya Balai Pengobatan Islam menempati lokasi di jalan Basuki Rahmad (Kauman) Lamongan pada bulan Juli 1968. Berselang 1 bulan berikutnya karena tidak ada pasien maka dipindahkan ke Jl KH Ahmad Dahlan No 10, Lamongan (bangunan yang diwakafkan bapak Usman Dimyati). Dengan berpindahnya BP Islam Lamongan di Jl KH Ahmad Dahlan No 10, dianggap sebagai tonggak dan lahirnya BP Islam Lamongan yang bertepatan pada tanggal 10 Agustus 1968, dengan mottonya “Ramah, Santun, Senyum, Ikhlas dan Memasyarakat Berdasarkan Pedoman Al Qur’an Surat Al Ma’un”.
Saat ini, BP Islam Lamongan telah menjelma menjadi Rumah Sakit Muhammadiyah Lamongan, di jalan Jaksa Agung Suprapto 76 Lamongan dengan kapasitas 240 tempat tidur baru diatas lahan seluas + 4,17 hektare (41.716 m2). Dengan pelayanan medis yang lebih modern dalam lingkungan yang asri dan bernuansa Islami, RS Muhammadiyah Lamongan terus berupaya untuk mewujudkan visi, misi dan tujuan RS Muhammadiyah Lamongan.
Perkembangan Rumah Sakit Muhammadiyah Lamongan dari tahun ke tahun patut dibanggakan. Keberhasilan RSML meraih predikat akreditasi paripurna pada tahun 2014 dan 2017, serta berhasil memperoleh sertifikasi RS Syariah dari DSN MUI adalah bukti bahwa RSML senantiasa meningkatkan mutu dan keselamatan pasien serta kualitas pelayanan.
Terjalinnya kerjasama pelayanan kesehatan khususnya dengan BPJS Kesehatan sebagai salah satu sebab semakin meningkatnya kunjungan pasien. Peningkatan ini tentunya tidak lepas dari kerja keras kerja cerdas dan kerja ikhlas dari segenap elemen RS Muhammadiyah Lamongan, mulai dari Pemilik, Penyelenggara, Direksi dan segenap staf RS Muhammadiyah Lamongan. Selain tentunya partisipasi aktif warga Muhammadiyah di daerah Lamongan.
Sebagai upaya mewujudkan center of excelence, RSML berhasil memperoleh beberapa penghargaan dan prestasi, antara lain :
a. Sebagai RS Muhammadiyah yang berhasil memperoleh sertifikat akreditasi versi 2012, dengan predikat lulus paripurna oleh Komisi Akreditasi RS tahun 2014 dan lulus paripurna dalam re-akreditasi di tahun 2017.
b. Sebagai RS kelas B oleh Kementerian Kesehatan RI tahun 2014
c. Ditunjuk oleh PP Muhammadiyah sebagai pelaksana program “Kesiagaan Rumah Sakit dan Masyarakat dalam Penanggulangan Bencana (Muhammadiyah HOPE Program)” yang berlangsung selama 3 tahun mulai tahun 2008 – 2011
d. Sertifikasi LAZISMU RSML sebagai jejaring LAZIS Muhammadiyah tahun 2010
e. Ditunjuk oleh PP Muhammadiyah sebagai RS Pendidikan (wahana pendidikan), selanjutnya dituangkan dalam piagam kerjasama antara RSML dengan FK Unmuh Malang tentang kerjasama bidang pelayanan, pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat sejak 2011.
f. Kerjasama antara Fakultas Kesehatan masyarakat Universitas Airlangga dengan RSML tentang kerjasama bidang pelayanan, pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat sejak 2010
g. Piagam Penghargaan dari AUSAID Australia dan PP Muhammadiyah sebagai RS yang telah mengikuti program Rumah Sakit dan Masyarakat Siaga Bencana atau Hospital and Communities Preparedness for Disaster Management (HCPDM) Tahun 2011
h. Penghargaan dari MPKU PWM Jatim sebagai promotor akreditasi RS Muhd/Aisyiyah di Jawa Timur Tahun 2011
i. Sebagai Penyumbang dana dakwah tertinggi ke 1, dalam pengelolaan keuangan terbaik berdasarkan hasil Review Laproan Keuangan dari KAP Tahun 2018
j. Sebagai penyetor terdisplin dana pengembangan dakwah (SHU) berdasarkan hasil Review Laproan Keuangan dari KAP Tahun 2018
k. Produktvitas karyawan tertinggi ke 1, dalam pengelolaan keuangan terbaik berdasarkan hasil Review Laproan Keuangan dari KAP Tahun 2018
l. Penghargaan Kecelakaan Nihil (Zero Accident) program K3 dari Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi RI dan Gubernur Jawa Timur sejakTahun 2012-2019
m. Meraih penghargaan sebagai dalam PERSI AWARD – IHMA, Mukisi Award, MPKU Award pada tahun 2012 – 2018
n. Meraih penghargaan dalam bidang pengelolaan lingkungan hidup (Properda dan Pelaporan RKP RPL Terbaik) dari Bupati Lamongan sejak tahun 2018